除在1999年6月簽訂相互執行仲裁裁決的安排外，根據《基本法》第九十五條，最高人民法院與香港特區政府經協商後，在2006 年7月就當事人協議管轄的民商事案件判決的認可和執行問題作出安排(《協議管轄安排》)。2008年2月，為體現內地經修訂的《民事訴訟法》中關於申請執行期限的新規定，雙方修訂《協議管轄安排》，將申請人申請認可和執行判決的期限由一年(若雙方或一方當事人是自然人)或六個月(若雙方是法人或其他組織)，一律延長至兩年。

《協議管轄安排》 涵蓋由指定的內地法院或香港特區法院依據商業協約行使其司法管轄權所作出須支付款項的判決，而有關各方以書面同意指定內地人民法院或香港特區法院為唯一具管轄權審理糾紛的法院。除指明案件的範圍及適用的法院等級外，《協議管轄安排》還訂明拒絕執行判決的理由，而這些理由與普通法原則及《外地判決(交互強制執行)條例》(第319章)所訂準則相若。此外，為符合普通法對涉及金錢最終判決的要求，《協議管轄安排》訂明大致上符合香港法院規定的特別程序。請按此處下載《協議管轄安排》的主要內容。

為實施《協議管轄安排》，政府在2008年4月通過《內地判決(交互強制執行)條例》(第597章)，並由2008年8月1日起生效，而最高人民法院則公布相關的司法解釋，以便在內地執行《協議管轄安排》。

最高人民法院已更新內地經授權管轄第一審涉外、涉港澳台民商事案件的基層人民法院名單，更新後的名單已列入《協議管轄安排》附件。律政司司長在2018年12月14日根據《內地判決(交互強制執行)條例》(第597章)第25(1)條，在憲報公布經更新的認可基層人民法院清單(第9195號公告)。至於律政司司長在2014年7月25日在憲報公布的認可基層人民法院清單，請參閱第4289號公告。

《關於內地與香港特別行政區法院相互認可和執行民商事案件判決的安排》(《認可和執行判決安排》)自生效當日起會取代《協議管轄安排》，但《協議管轄安排》仍適用於當事人在《認可和執行判決安排》生效前訂立的書面管轄協議。